区别一、面对的房屋类型不同
住房公积金贷款只能用于购买70年产权的住宅时使用，除此之外的商住等类型的房屋是不能申请公积金贷款的，商业贷款面对的房屋类型较为宽松，除了住宅之外，商住两用房也可以申请。
首次使用公积金贷款购买自住普通住房的，建筑面积在144平方米(含)以下首付款比例不低于20%，建筑面积在144平方米以上的首付款比例不低于30%。
对已使用过一次公积金贷款并已结清购房贷款的缴存职工，为改善居住条件购买第二套自住普通住房的，建筑面积90平方米(含)以下商品房首付比例为20%，建筑面积90-144平方米(含)的首付款比例为30%;建筑面积在144平方米以上的首付比例为50%。同时放开180平方米以上面积住宅类房屋限制。
区别二：贷款性质和利率不同
公积金贷款是不以盈利为目的的政策性贷款，利率相对较低。而商业银行贷款是以赢利为目的，利率高一些。
区别三：贷款额度和年限
区别四：贷款流程
1.公积金贷款
1）市属：
资质审核、房屋核验——网签——评估——面签——初审——签借款合同——缴税——过户——放款——拿房本
2）国管：
资质审核、房屋核验——评估——网签——面签（初审、签借款合同 ）——缴税——过户——放款——拿房本
2.商业贷款：
资质审核、房屋核验——网签——评估——面签/审核——缴税——过户——放款——拿房本——拿尾款
另外商业贷款可以选择的还款方式非常多，在提前还款的问题上也更为自由、灵活。一般商业贷款在满一年后，每年都可以提前还款。相比之下，公积金贷款的还款方式较为单一，以等额本息和等额本金两种方式为主。此外，公积金贷款只有一次提前还款的机会。
区别五：贷款来源审批机构利息用途
（1）商业贷款放款源头的来源主要是商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缉费者缴纳的资金。
（2）商业房贷主要通过银行审批，决定权在银行；公积金房贷则需要通过公积金管理中心审批，决定权在公积金管理中心，银行只是执行机构。
（3）商业房贷的利息是商业行为的盈利，归相关的投资人，而公积金利息则是有政策规定用途，只能用于保障性住房建设。
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